ในปัจจุบันยังคงมีการใช้สารเคมีในการทำสวนพริกในบางพื้นที่ เช่น ออร์กาโนคลอรีน, ออร์กาโนฟอสเฟต, คาร์บาเมต และกลุ่มไพรีทรัม/สารสังเคราะห์ไพรีทรอยด์ แต่หากเกษตรกรทำตามแนวทางการปฏิบัติทางการเกษตรที่ดี (GAP) ก็จะไม่พบปัญหาใดๆ
อย่างไรก็ตาม หากมีการฉีดพ่นสารเคมีในช่วงเย็นและเก็บพริกเพื่อขายในตอนเช้า อาจทำให้สารพิษตกค้างในพริก ซึ่งหากสะสมในร่างกายจะเป็นอันตรายต่อระบบสมองและประสาท เช่น ทำให้ความจำเสื่อม สมาธิสั้น และยังเป็นพิษต่อตับ ไต รวมถึงรบกวนระบบภูมิคุ้มกันและฮอร์โมนในร่างกาย
เพื่อให้เกิดความมั่นใจ สถาบันอาหารจึงได้สุ่มเก็บพริกขี้หนูสด 5 ตัวอย่างจาก 5 ย่านการค้าในกรุงเทพฯและปริมณฑลเพื่อนำมาวิเคราะห์สารกำจัดแมลงและศัตรูพืช 4 กลุ่ม รวม 58 ชนิด ผลการวิเคราะห์พบสารพิษตกค้างในพริกทุกตัวอย่าง โดยมี 2 ตัวอย่างที่พบสารไซเพอร์เมทรินและอีไทออนเกินมาตรฐานที่กำหนดในประกาศกระทรวงสาธารณสุขเกี่ยวกับอาหารที่มีสารพิษตกค้าง
ดังนั้น ก่อนนำพริกขี้หนูสดมาปรุงอาหาร ควรล้างพริกเพื่อขจัดสารพิษ โดยการแช่น้ำเป็นเวลา 15 นาที และเปิดน้ำไหลผ่านถูไปมานาน 2 นาที หรือแช่ในน้ำผสมน้ำส้มสายชู 5% โดยใช้สัดส่วน 1 ช้อนโต๊ะต่อน้ำ 4 ลิตร และแช่ไว้ 15 นาที จากนั้นล้างด้วยน้ำสะอาด เพียงเท่านี้ก็จะปลอดภัยจากสารพิษตกค้าง

Mytour+ Food Safety Project by the Institute of Food
