โรงเรียนมัธยมนาคนาวาอุปถัมภ์ ก่อตั้งขึ้นจากการแยกตัวจากโรงเรียนนาคนาวาอุปถัมภ์ ซึ่งมีประวัติยาวนานตั้งแต่ปี พ.ศ. 2476 โดยเดิมทีมีชื่อว่าโรงเรียนเทศบาลบ้านป่า ก่อนจะเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนสุเหร่าบ้านป่าในปี พ.ศ. 2498 ต่อมาในปีเดียวกัน นางโสม นาคนาวา, นายลีม มะลูลีม, นายริด ริดหมัด และนางหนับ หมัดตอยเย็บ ได้ร่วมกันบริจาคที่ดิน 2 ไร่ 3 งาน 40 ตารางวา เพื่อสร้างอาคารเรียนและเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนมัธยมนาคนาวาอุปถัมภ์
ในวันที่ 28 กันยายน 2542 อิหม่ามฮำดะห์ นาคนาวา ได้บริจาคที่ดินจำนวน 2 ไร่ 1 งาน 83 ตารางวา มูลค่า 9,830,000 บาท ซึ่งอยู่ห่างจากโรงเรียนเดิม 300 เมตร เพื่อใช้สร้างโรงเรียนมัธยมขยายโอกาส
ในปี พ.ศ. 2544 โรงเรียนมัธยมนาคนาวาอุปถัมภ์ได้เปิดเป็นโรงเรียนขยายโอกาส โดยมีการสอนร่วมกันระหว่างระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษา เริ่มเปิดสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 3
ปี พ.ศ. 2545 โรงเรียนได้รับบริจาคที่ดินเพิ่มเติมและสร้างอาคารเรียนใหม่บนที่ดินดังกล่าว ในปี พ.ศ. 2546 นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาได้ย้ายมาเรียนที่อาคารใหม่ และในปี พ.ศ. 2548 กรุงเทพมหานครได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนมัธยมนาคนาวาอุปถัมภ์อย่างเป็นทางการ (7 กันยายน 2548) โดยแยกตัวออกจากฝ่ายประถมศึกษา ปัจจุบันโรงเรียนเปิดสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 6

วิสัยทัศน์ของสถานศึกษา
โรงเรียนมัธยมนาคนาวาอุปถัมภ์ มุ่งเน้นการพัฒนาศักยภาพของผู้เรียนให้มีทักษะชีวิตที่แข็งแกร่ง มีคุณธรรมและจริยธรรมอันดีงามบนพื้นฐานของศาสนา ใช้เทคโนโลยีอย่างสร้างสรรค์ และดำรงชีวิตในสังคมประชาธิปไตยอย่างมีความสุข
ปรัชญาการศึกษาของโรงเรียน
ส่งเสริมพัฒนาการของนักเรียนและสังคม พร้อมปลูกฝังค่านิยมประชาธิปไตยให้เป็นส่วนหนึ่งของการดำเนินชีวิต
คติพจน์ของโรงเรียน
ความรู้ควบคู่คุณธรรม นำพาชุมชนสู่การพัฒนา
คำขวัญของสถานศึกษา
มุ่งมั่นด้านการศึกษา กีฬายอดเยี่ยม เน้นระเบียบวินัย และตระหนักถึงสิ่งแวดล้อม
สัญลักษณ์ประจำโรงเรียน

- นักเรียนมุ่งหน้าสู่เป้าหมายและความสำเร็จ
- เรือพญานาคเป็นสัญลักษณ์ของความรู้และประสบการณ์
- ที่จะนำทางนักเรียนไปสู่จุดหมายและความสำเร็จที่ตั้งไว้
สีประจำสถานศึกษา
เทา-เหลือง
ต้นไม้ที่เป็นสัญลักษณ์ของโรงเรียน
ต้นประดู่
