
UBND tỉnh Tiền Giang cũng đã gửi đề xuất lên Bộ GTVT về việc đặt trạm thu phí trên tuyến cao tốc này. Theo đó, địa điểm đặt trạm thu phí trên tuyến chính tại Km 51+940 thuộc nút giao Thân Cửu Nghĩa, huyện Châu Thành để kiểm soát toàn bộ phương tiện ra vào cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận; xây dựng nhà điều hành tạm thời trong diện tích đã giải phóng của dự án (bên trái tuyến) để phục vụ công việc vận hành, thu phí, và chuyển thiết bị chưa lắp đặt cho 4 làn trên tuyến nhánh đã được phê duyệt và bổ sung thiết bị cho hai làn thu phí để lắp đặt trên tuyến chính.
Các trạm thu phí trên tuyến nhánh tại nút giao Cai Lậy, nút giao Cái Bè, nút giao An Thái Trung được giữ nguyên theo hồ sơ thiết kế đã được duyệt.
Trong quá trình đi vào hoạt động, nhà đầu tư đề xuất tự chủ động đặt thêm 1 trạm trên tuyến chính tại cuối tuyến (nút giao An Thái Trung) trong trường hợp cầu Mỹ Thuận 2 và tuyến cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ hoàn thành nhưng vẫn chưa thu phí, có nghiên cứu phù hợp với nút giao của tuyến cao tốc Cao Lãnh - An Hữu.
UBND tỉnh Tiền Giang đã đồng ý mức thu phí tạm thời sau khi hai trạm thu phí trên tuyến chính hoàn thành xây dựng, và khi đi vào vận hành sẽ xem xét điều chỉnh cụ thể.
Với cách tính này, mức phí sử dụng đường bộ trên cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận được phân thành 5 nhóm xe.
Nhóm 1 (xe hạng nhẹ dưới 12 chỗ, xe tải nhẹ dưới 2 tấn, xe buýt): 2.100 đồng/km, tức là 110.000 đồng cho toàn bộ quãng đường 51 km. Nhóm phải chịu phí cao nhất là xe tải 18 tấn trở lên với mức 8.400 đồng/km, tương đương khoảng 430.000 đồng cho toàn bộ quãng đường.
Ba nhóm xe còn lại có mức phí tương ứng là 3.000, 3.700 và 6.000 đồng mỗi km. Theo kế hoạch tăng giá đã được duyệt, mỗi 3 năm giá vé sẽ tăng thêm 15% trong suốt thời gian hoạt động của dự án.