Khám phá này đã gây ra nhiều tranh cãi suốt hơn 30 năm qua.
Vào năm 1985, trong khi làm việc dưới biển gần đảo Yonaguni Jima, một thợ lặn người Nhật đã phát hiện một công trình kiến trúc đá cổ xưa đồ sộ. Công trình này có hình dáng bậc thang và những góc cạnh được chế tác tỉ mỉ, gây ấn tượng giống với các kim tự tháp.
Các nhà khoa học đã đến đây kiểm tra sau khi nhận được tin. Ban đầu, họ cho rằng các khối đá này tự nhiên hình thành. Nhưng vào năm 1997, Masaaki Kimura, một nhà địa chất biển tại Đại học Ryūkyū, Nhật Bản, cùng các nhà khoa học khác đã điều tra công trình này. Kimura đã dành nhiều thời gian nghiên cứu và kết luận rằng công trình này là do con người xây dựng. Họ còn phát hiện ra các ký tự hình động vật trên các tảng đá.
Các nhà khoa học Nhật Bản kinh ngạc phát hiện rằng: Đây là dấu tích của một nền văn minh cổ xưa, một thành phố cổ bị động đất chôn vùi khoảng 12.000 năm trước. Nó được hình thành vào cuối thời kỳ Băng hà, khi khu vực này nổi lên trên mặt biển.

Trong một cuộc hội thảo, Masaaki Kimura trình bày giả thuyết của mình: 'Cấu trúc lớn nhất giống như một kim tự tháp bậc thang, được làm từ đá tự nhiên, nổi lên ở độ sâu 25 mét'. Tuy nhiên, Robert Schoch, một giáo sư về khoa học và toán học tại Đại học Boston, người đã thực hiện việc lặn xuống khu vực này, lại cho rằng: 'Tôi không tin rằng bất kỳ cấu trúc hoặc hình khối lớn nào ở đó là các bậc thang nhân tạo, chúng đều là tự nhiên. Đó chỉ là những tầng đá cát, đứt gãy trên mặt phẳng dài, tạo ra những rìa thẳng, đặc biệt ở những vùng có nhiều hoạt động địa chấn'.
Một số nhà nghiên cứu tin rằng cấu trúc dưới đáy biển này có thể là phần còn lại của Thành phố Mu, một truyền thuyết về nền văn minh Thái Bình Dương, theo đồn đã bị sóng biển cuốn trôi.
Sau đó, các thợ lặn phát hiện ra các con đường dẫn dài, những đại lộ rộng lớn, các cấu trúc cầu thang imposion, cổng rối rắm, các khối đá to lớn được chế tác tỉ mỉ. Mười cấu trúc khác được phát hiện ở Yonaguni, bao gồm một lâu đài và năm công trình giống như đền thờ cùng với một sân vận động khổng lồ. Điều đáng chú ý là tất cả các công trình này được kết nối với nhau bằng đường thủy và đường bộ.
Các nhà khoa học vẫn chưa thể giải thích được cách mà di tích này hình thành dưới đáy Thái Bình Dương. Sự biến mất của quần thể kiến trúc này và số phận của những người dân sống ở đây là một đề tài gây tranh cãi trong suốt hơn 30 năm qua.
