Không tuân thủ những gì mangaka viết ra thường mang lại hậu quả khá phiền toái, khiến cho những bộ anime này không được đánh giá cao từ fan hâm mộ.
1. Tokyo Ghoul
Tokyo Ghoul là một bộ manga dài được sáng tác bởi Ishida Sui. Được xuất bản lần đầu trên Weekly Young Jump vào năm 2011 và sau đó được chuyển thể thành anime vào năm 2014. Cốt truyện diễn ra trong một thế giới giả tưởng nơi mà ghoul - loài quái vật ăn thịt người, sống giữa xã hội loài người và che giấu thân phận của mình trước chính phủ.

Câu chuyện của Tokyo Ghoul kể về Kaneki Ken, một sinh viên đại học bị biến thành bán ghoul sau một tai nạn. Giống như các ghoul khác, Ken phải ăn thịt người để tồn tại và phải chiến đấu giữa xã hội ghoul cũng như che giấu thân phận trước bạn bè con người.
Dù được đánh giá là một sản phẩm tiềm năng, phiên bản anime lại gây tranh cãi vì không tuân thủ manga. Mặc dù khởi đầu giống như manga, nhưng cốt truyện ngày càng khác biệt và cái kết không giống manga. Thêm vào đó, phần 2 - Tokyo Ghoul √A lại hoàn toàn khác biệt so với manga, khiến nhiều người xem cảm thấy rối bời hơn.
2. Fullmetal Alchemist

Fullmetal Alchemist cũng là một ví dụ tiêu biểu khác cho việc cốt truyện trong Anime có thể hoàn toàn không liên quan đến manga. Ban đầu, nửa đầu của anime tuân thủ manga, nhưng từ giữa phim trở đi, sự khác biệt bắt đầu xuất hiện rõ rệt, đặc biệt là khi Ed và Al gặp lại sư phụ và người tình của họ. Mặc dù một số tình tiết vẫn giữ nguyên, nhưng cái kết lại thay đổi. Sự thay đổi này tạo ra sự hấp dẫn mới, nhưng cũng gây ra tranh cãi.
Vào năm 2009, studio Bones đã sản xuất lại FMA với cái tên khác là Fullmetal Alchemist: Brotherhood. Việc tái khởi đầu series này và tuân thủ manga hơn đã mang lại sự thoải mái cho nhiều người khi chứng kiến cái kết trọn vẹn của Arakawa Hiromu được chuyển thể lên anime.
3. Claymore

Claymore là một loạt manga hành động - kinh dị xuất sắc nhất mọi thời đại, của tác giả Yagi Norihiro. Câu chuyện kể về Clare, một cô gái trẻ được nhóm Yoma nuôi dưỡng sau khi thành viên của họ giả dạng anh trai để sát hại cả gia đình Clare. Cô tham gia tổ chức với mục đích trả thù người phụ nữ Priscilla, vì đã giết người bạn Teresa của cô. Do điểm yếu của bản thân, cô bị xếp vào cấp thấp nhất trong Claymore.
Khi được chuyển thể thành anime, Claymore không chỉ đơn giản chuyển thể từ manga mà còn điều chỉnh, tạo ra một cái kết khác. Tuy nhiên, cái kết này không được các fan manga chấp nhận nhiều. Anime kết thúc với nhân vật chính chiến đấu với kẻ thù của mình, nhưng cách này dễ dàng hơn so với những trận chiến dữ dội trong manga. Việc tăng sức mạnh một cách dễ dàng này có thể đã phá hỏng hoàn toàn ý đồ ban đầu của tác giả.
4. Elfen Lied

Elfen Lied là một trong số các bộ Anime chỉ chuyển thể một phần từ Manga, nhưng điều này không làm cho câu chuyện trở nên dở dang hoặc không hoàn chỉnh. Nhiều series Anime khác cũng nhận thức rằng việc tập trung vào những tình tiết quan trọng sẽ làm tăng sự hấp dẫn.
Về bản chất, phiên bản anime của Elfen Lied không hoàn toàn tuân thủ manga. Anime chỉ có 13 tập, trong khi manga có 12 tập và đã hoàn thành trước khi manga kết thúc. Điều này cho thấy anime chỉ chuyển thể những phần đầu của manga thành các tập và bỏ sót rất nhiều nội dung. Thực tế, nó chỉ chuyển thể một phần của câu chuyện đã diễn ra trong Manga. Phim không có cái kết thực sự, làm cho người xem cảm thấy không hài lòng với những tình tiết dở dang, cụt lủn. Tuy vậy, việc được chuyển thể thành anime đã làm tăng sự chú ý đối với bộ manga này.
