Trong sinh học phân tử và di truyền học, phiên mã là quá trình tổng hợp RNA từ mạch khuôn của gen. Trong quá trình này, trình tự đêôxyribônuclêôtit của DNA được phiên sang trình tự ribônuclêôtit của RNA theo nguyên tắc bổ sung.
Thuật ngữ này dịch từ tiếng Anh: transcription (phát âm IPA: /træn'skrɪpʃən/, tiếng Việt: t'ran-crip-sân), trước đây ở Việt Nam thường gọi là giải mã, nhưng hiện tại đã được chuẩn hóa thành phiên mã.
Mặc dù có nhiều loại RNA khác nhau (như mRNA, tRNA, rRNA, snRNA, tmRNA, v.v.), chỉ có mRNA (RNA thông tin) là sản phẩm của phiên mã được dùng để dịch mã di truyền thành chuỗi amino acid trong protein, vì vậy - theo nghĩa hẹp - phiên mã là quá trình tổng hợp mRNA.
Quá trình này chỉ xảy ra khi có sự tham gia của các yếu tố phiên mã, với enzym phiên mã đóng vai trò chủ chốt, tạo thành phức hợp enzym được gọi là RNA-pôlymêraza.
Thành phần tham gia
Phiên mã là một quá trình phức tạp nhưng đã được nghiên cứu kỹ lưỡng, đặc biệt là ở trực khuẩn E. coli. Nhiều nghiên cứu cũng đã thực hiện phiên mã trong điều kiện in vitro tại phòng thí nghiệm. Để thực hiện phiên mã in vitro, cần có những thành phần cơ bản sau.
- Nguyên liệu: các NTP (nucleoside triphosphate) gồm các ribônuclêôtit A, U, G và C (cytosine) đã được hoạt hoá, bao gồm: ATP, UTP, GTP và CTP.
- Enzym ARN pôlymêraza.
- ADN mạch khuôn.
Bên cạnh đó, cần phải có:
- Nước cất làm dung môi để pha trộn các thành phần trên theo tỷ lệ phù hợp.
- Diethyl pyrocarbonate (DEPC) hoặc diethyl dicarbonate (theo tên IUPAC) để khử hoạt tính của RNase (enzym phân hủy RNA) trong dung dịch và xử lý các dụng cụ thí nghiệm.
- Điều chỉnh pH và nhiệt độ ủ thích hợp, thường là 37°C.
Diễn biến
Khái quát
- Mạch đơn của gen (mạch đối nghĩa) - được gọi là mạch gốc trong sinh học phổ thông - chứa các đêôxyribônuclêôtit sẽ được enzym RNA-pôlymêraza sử dụng làm khuôn mẫu để tổng hợp các ribônuclêôtit theo nguyên tắc bổ sung. Trong quá trình này, chuỗi đêôxyribônuclêôtit sẽ được chuyển đổi thành chuỗi ribônuclêôtit, ví dụ: A-T-G-C tạo thành U-A-C-G. Vì vậy, quá trình này được gọi là phiên mã chứ không phải là chép mã hoặc dịch mã.
- Chuỗi ribônuclêôtit tổng hợp được sẽ mang mã di truyền (bản mã phiên), và sau khi hoàn tất, nó sẽ tách khỏi mạch gốc để tRNA thực hiện quá trình dịch mã thành chuỗi pôlypeptit.
Các bước quan trọng
- Ở tế bào nhân sơ (ví dụ như vi khuẩn), quá trình phiên mã diễn ra qua 3 giai đoạn chính sau giai đoạn chuẩn bị.
Chuẩn bị: Hệ enzym tháo xoắn DNA (như Tôpôizômêraza và Hêlicaza) sẽ làm gỡ xoắn và tách DNA khuôn tại vùng có gen cần phiên mã. Sau bước này, quá trình phiên mã mới có thể bắt đầu.
- Khởi đầu – Enzim RNA-pôlymêraza sẽ gắn vào đoạn khởi đầu trên vùng điều hòa của gen, lựa chọn mạch khuôn và bắt đầu di chuyển theo chiều 3’-5’ để chuẩn bị tổng hợp RNA.
- Kéo dài – RNA-pôlymêraza tiếp tục di chuyển dọc theo mạch khuôn theo chiều 3’-5’, lắp ráp các ribônuclêôtit tự do vào mạch khuôn theo nguyên tắc bổ sung và sử dụng ATP để liên kết các ribônuclêôtit thành chuỗi pôlyribônuclêôtit mới theo chiều 5’-3’. Đoạn gen đã phiên mã sẽ quay lại cấu trúc xoắn kép sau khi phiên mã hoàn tất. Đây là giai đoạn kéo dài (elongation), là giai đoạn dài nhất trong toàn bộ quá trình phiên mã.
- Kết thúc – Khi RNA-pôlymêraza gặp tín hiệu kết thúc trên gen, quá trình phiên mã dừng lại và enzym tách khỏi gen, giải phóng phân tử RNA mới, đồng thời đoạn gen sẽ khép lại để trở về cấu trúc xoắn kép ban đầu.
Do sự 'lắp ráp' các ribônuclêôtit tự do (A, U, G và X) theo nguyên tắc bổ sung (A-U, G-X, T-A và X-G), nên bản phiên mã mang thông tin di truyền để xác định vị trí của từng amino acid dựa trên các bộ ba mã di truyền (codon).
- Phiên mã ở sinh vật nhân sơ và nhân thực nhìn chung có những điểm tương đồng về cơ bản theo các giai đoạn đã mô tả. Tuy nhiên, có nhiều điểm khác biệt, được tóm tắt như sau.
• Ở nhân sơ, chỉ cần một loại enzym RNA-pôlymêraza để thực hiện phiên mã cho tất cả các loại RNA như mRNA, tRNA, và rRNA. Ngược lại, ở nhân thực, có nhiều loại RNA-pôlymêraza khác nhau: mỗi loại RNA (mRNA, tRNA, rRNA) cần một loại enzym RNA-pôlymêraza riêng biệt để phiên mã.
• Vì vi khuẩn (nhân sơ) không có màng nhân, nên mRNA có thể ngay lập tức tham gia vào quá trình dịch mã khi còn đang được tổng hợp. Do đó, ở nhân sơ, phiên mã và dịch mã có thể diễn ra đồng thời.
• Ở sinh vật nhân thực, ngay sau khi RNA được tổng hợp, nó phải trải qua một loạt các bước chế biến để trở thành mRNA trưởng thành trước khi rời nhân và đi vào mạng lưới nội chất để tham gia vào dịch mã. Quá trình chế biến RNA bao gồm việc loại bỏ các intrôn và nối các êxôn, được gọi là xử lý RNA (RNA processing) và được trình bày chi tiết trong phần về Phiên mã nhân thực (Eukaryotic transcription).