Tất Cả Các Biến Chủng Virus Đột Biến Này Cần Các Tên Mã Mới

Không phải là lỗi của Tulio de Oliveira khi mỗi biến thể đột biến của virus gây ra Covid-19 đều có hơn một tên, chưa kể rằng chúng đều đọc như mật khẩu bảo mật không thể hack được. Nhưng de Oliveira có thể đã truyền cảm hứng cho một sự đẩy mạnh mới, quốc tế để thay đổi hệ thống đó.

Một chuyên gia tin học sinh học và giám đốc của Nền tảng Chuỗi DNA và Đổi mới KwaZulu-Natal tại Đại học KwaZulu-Natal ở Nam Phi, de Oliveira dẫn đầu đội ngũ đã xác định một trong những biến thể đó vào tháng 12 - một phiên bản của SARS-CoV-2 với một đột biến có vẻ làm cho nó dễ lây truyền hơn từ người này sang người khác. Trong một đại dịch, điều đó là xấu.

De Oliveira đã làm những gì bạn nên làm - anh ấy chia sẻ những gì anh ấy biết về cấu trúc gen của biến thể mới này với hàng ngàn nhà khoa học trên thế giới đang cố gắng đánh bại căn bệnh. Một trong những cách tốt nhất để làm điều đó là hiểu cách một biến thể cụ thể nào đó liên quan, tiến hóa và dịch tễ học, đối với tất cả các biến thể khác - để tìm hiểu tại sao một số đột biến có thể mang lại khả năng lây lan nhanh hơn và dễ dàng hơn, có thể trong khi tránh qua một số hình thức vắc xin. Đội của anh ấy đã giải mã chuỗi gen của biến thể virus và tải kết quả lên một cơ sở dữ liệu có tên là GISAID, “Sáng kiến Toàn cầu về Chia sẻ Dữ liệu Về Tất cả Các Virus Cảm cúm.”

Nếu bạn đã nghe về biến thể virus mà đội ngũ của de Oliveira phát hiện, có thể bạn biết nó là “biến thể được xác định đầu tiên ở Nam Phi.” Nhưng đó không phải là cách các nhà khoa học đặt tên cho mọi thứ. Đối với họ, đó là B.1.351 (đọc là “bee dot one dot three five one”).

Đây là nơi de Oliveira đóng góp vào việc làm cho mọi thứ phức tạp hơn. Nhìn vào, các nghiên cứu ở Vương quốc Anh cũng đã phát hiện ra một biến thể lây lan nhanh chóng, mà họ đã đặt tên là SARS-CoV-2 VOC 202012/01, một cách diễn đạt không quá khéo léo khi nói rằng đó là “biến thể đáng quan ngại” đầu tiên được xác định vào tháng 12 năm 2020. Đột biến chính của nó dường như giống như đột biến trong biến thể de Oliveira phát hiện, một thay đổi kỹ thuật được gọi là “N501Y.” Nhưng một cách để phân loại các biến thể là theo các đột biến của chúng. Vì vậy, mọi thứ sắp trở nên rối bời.

Nhưng de Oliveira có một đề xuất. “Rõ ràng là các biến thể có vai trò khác nhau trong việc phân loại,” de Oliveira nói với tôi. Anh ấy đề xuất rằng biến thể của các nhà nghiên cứu ở Vương quốc Anh sẽ được gọi là 501Y.V1 (và cũng là B.1.1.7). Của de Oliveira vẫn là B.1.351, và cũng là 501.V2. Bạn cũng có thể đã nghe về một biến thể khác gọi là 501Y.V3… hoặc một cái tên là P.1… hoặc một cái tên khác là CAL.20C. Có thể bạn cũng đang cố gắng theo dõi thêm nhiều đột biến gen khác, như E484K (còn được biết đến là “Eeek”) hoặc D614G, “Doug.” Chúng là những cái tên hài hước nhưng lại giấu đi một số điều tồi tệ.

Những nhà khoa học không thích đặt tên bệnh tật theo địa điểm hoặc người (quá làm nhục). Họ muốn một cái gì đó chính xác hơn - và phức tạp hơn. Cách mà một virus được gọi cũng thường là cái nó làm, hoặc nó ở đâu trong cây phả hệ. Các nhà khoa học tranh cãi về thuật ngữ học, về cách đặt tên cho mọi thứ, vì nó là một proxy cho việc tranh cãi về những thứ mọi thứ là - một cách phương pháp học, một cách mục tiêu và một cách triết học. Nhưng giữa đại dịch, điều đó có thể không đủ tốt. “Quá phức tạp,” Maria Van Kerkhove, trưởng đơn vị bệnh dịch mới của Tổ chức Y tế Thế giới, nói trong một phiên hỏi đáp vào cuối tháng 1. “Chúng ta không cần phải đặt tên cho mọi biến thể mà đáng quan tâm, nhưng chúng ta cần phải đặt tên cho những biến thể quan trọng, những biến thể có tiềm ảnh ảnh hưởng đối với sự nghiêm trọng, sự truyền bệnh, và bất kỳ biến thể nào có ảnh hưởng đối với phương pháp điều trị và vắc xin.” Với tất cả các quan chức lớn của thuật ngữ về Covid, WHO đã bắt đầu cố gắng giải quyết mớ lộn về tên gọi.

Dịch bệnh nào cũng chưa từng có nhiều người nghiên cứu chuỗi gen của một loại virus. Tất cả đều dự kiến sẽ có một sự cố. “Có vẻ như nó bùng phát lên sân khấu công chúng. Nhưng trong cộng đồng khoa học, cuộc thảo luận về cách chúng ta nói về nó, chúng ta sử dụng ngôn ngữ nào đã diễn ra từ lâu,” nói Emma Hodcroft, một nhà dịch tễ học phân tử tại Đại học Bern và là một trong những người phát triển Nextstrain, một trong những nỗ lực chính để tổ chức chuỗi gen của virus, “Rất nhiều điều phụ thuộc vào bạn đang làm gì. Bạn có đang tham gia vào chiến lược can thiệp y tế công cộng hay tiến hóa quy mô lớn không?”

GISAID bắt đầu vào năm 2008, sau khi các nhà nghiên cứu trên khắp thế giới bày tỏ một số ngần ngại khi đưa dữ liệu chuỗi từ giám sát cúm chim của họ vào cơ sở dữ liệu công cộng. Những nhà nghiên cứu không có tài nguyên đủ không muốn công bố một chuỗi gen mới mà sau đó bị người nghiên cứu khác với một phòng thí nghiệm triệu đô đánh bại. Và khi GISAID có thêm nhiều dữ liệu, những người điều hành nó phải tìm cách xác định mỗi chuỗi và đặt chúng vào ngữ cảnh với nhau. Bây giờ đó là nơi chứa dữ liệu chính cho các gen SARS-CoV-2.

Nhưng thế giới của tên gọi Covid còn có hai hiệu ứng quan trọng khác. Nextstrain, có trụ sở tại Viện Nghiên cứu Ung thư Fred Hutchinson và Đại học Basel, là một trong số đó. Tổ chức của nó xoay quanh các nhánh, các nhánh lớn trên cây phát sinh của cuộc sống. (Nextstrain bắt đầu làm công việc tương tự cho cúm.) Tên của nó có một mã triche - các nhánh được tổ chức theo năm chúng được phát hiện và một chữ cái của bảng chữ cái, sau đó là theo các đột biến cụ thể. Biến thể của nhóm de Oliveira có nhiều đột biến, nhưng N501Y quan trọng. (Đột biến thay đổi asparagine, được viết tắt là N, thành tyrosine, được viết tắt là Y, tại vị trí amino acid thứ 501 trên protein gai của virus, trong RBD (đó là vùng kết nối với receptor ACE2 của người (đó là enzyme chuyển đổi angiotensin).

Dễ dàng, phải không? (Hì hì.) Nhưng sau đó mọi thứ trở nên phức tạp hơn nữa. Đối với những người nghiên cứu ở Anh, họ thấy có cùng một đột biến, giữa nhiều đột biến khác. Để phân biệt nó với của de Oliveira, mỗi cái đều có một đặc điểm mới - thêm “V1” vào đối với đột biến từ Anh và “V2” vào đối với đột biến khác. Một biến thể tương tự khác mà dẫn về Manaus, Brazil, được đặt tên là “v3.”

“Chúng tôi không cố gắng đặt tên cho mọi thứ. Trên thực tế, chúng tôi thực sự cố ý không muốn có nhiều hơn 10 hoặc 20 tên mỗi năm, và chúng tôi quan tâm đến việc chọn ra những điều quan trọng nhất,” Hodcroft nói. “Đó là những thay đổi lớn trên cây phát sinh. Khi chúng tôi nhận thấy nhóm có sự khác biệt về gen và chúng lan rộng, thậm chí mất một thời gian, trong một khu vực hoặc trên toàn cầu, chúng tôi đặt cho chúng một nhánh Nextstrain.”

Nhưng đó không phải là điều mà người khác lớn trong lĩnh vực này làm. Đó là phần mềm phân tích được gọi là Pangolin—“Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages.” Các dòng Pango bắt đầu với một chữ cái, ban đầu là A hoặc B, chỉ định hai chuỗi SARS-CoV-2 đối lập đầu tiên xuất hiện từ Trung Quốc vào cuối năm 2019 và đầu năm 2020. Mỗi thế hệ có một con số, và con cháu của nó có thêm một con số, đi đầu bởi một dấu chấm—nhưng chỉ trong ba thế hệ. Bốn hoặc nhiều hơn, và toàn bộ dòng sẽ được chỉ định một chữ cái mới. Hình dung một không khí Obed-sinh-Jesse-và-Jesse-sinh-David, nhưng có sơ đồ và biểu đồ gen. “Các dòng đang hoạt động ở độ phân giải khác nhau. Bạn có thể có dòng lớn và nhỏ, nhưng ý tưởng là bắt kịp những biến động mới của đại dịch,” Áine O’Toole, một nhà tiến hóa sinh học tại Đại học Edinburgh, người sáng tạo Pangolin và hiện là một trong những nhà phát triển chính, nói.

(Sau khi công bố, O’Toole đã gửi email cho tôi để chú ý rằng trong khi cô đã tạo ra phần mềm Pangolin, cô không phải là người nghĩ ra chú thích Pango được sử dụng trong tên gọi—đó là một đội lớn hơn. Đó là một sự phân biệt quan trọng cũng chứng minh điểm của tôi về việc đặt tên cho mọi thứ, kể cả những người đặt tên cho mọi thứ.)

Pangolin có một phần khó khăn. Bất kỳ người nào làm việc trên gen của virus đều có thể sử dụng phần mềm để thử xem họ có cái mới không, và nó có thể nằm ở đâu trong tất cả các dòng đã biết (với dữ liệu được lấy từ GISAID, giống như Nextstrain). Nhưng việc quyết định cuối cùng về việc liệu một dòng có thực sự mới, và xứng đáng có một vị trí khác trong heuristics—nhánh Pango của nó—là quyền của những người thực sự sống trong nhóm và đề xuất từ các nhà khoa học trên thực tế. “Tôi nghĩ có lẽ đây là điều chúng tôi cần phải làm việc chăm chỉ hơn, để cố gắng truyền đạt rằng có sự khác biệt giữa việc đặt tên nhánh và việc chỉ định nhánh,” O’Toole nói. “Khi chúng tôi chỉ định nhánh, đó chỉ là dựa trên những gì chúng tôi biết. Nếu bạn có một nhánh mới và chúng tôi chưa thấy nó, Pangolin sẽ không thể chỉ định nó, vì nó không thể dự đoán những nhánh sẽ xuất hiện trong tương lai. Vì vậy có sự trễ.”

Các dòng Pango được thiết kế để linh hoạt, để thay đổi với dữ liệu mới. Nhưng không phải ai cũng hiểu điều đó. Đó là lý do tại sao biến thể có vẻ có khả năng tái nhiễm người đã từng mắc Covid-19, biến thể gây ồn ào nhất ở Manaus, có thể đã có tên là “B” nhưng giờ được gọi là “P.1.” (Làm rối thêm vấn đề, nó vẫn là 501Y.V3, mặc dù đột biến chính của nó có lẽ là E484K.)

Ngôn ngữ khoa học luôn cân bằng sự cụ thể với sự rõ ràng. Ngay cả những từ ngữ mà các nhà khoa học sử dụng cho tất cả những biến thể này cũng có thể trở nên khó diễn đạt. Một đột biến là một sinh vật, hoặc một virus, có trong mã gen của nó đột biến, khác biệt so với gen “wild type” của hệ sinh thái, được thu được thông qua lỗi và áp lực lựa chọn. Một biến thể là một đột biến, và kỹ thuật sống là một biến thể có một hình thái, hoặc biểu hiện, khác biệt đáng chú ý—trong trường hợp này, làm thế nào nó có thể lây truyền, sự nghiêm trọng của bệnh nó có thể gây ra, hoặc cách nó tương tác với hệ thống miễn dịch và, theo mở rộng, là một loại vaccine. Chuyên gia bệnh truyền nhiễm Anthony Fauci của Mỹ tiếp tục nói về “đột biến nguy hiểm” tại các buổi họp về Covid-19, điều này có lẽ là cách sử dụng ngôn ngữ thường ngày hơn nhưng cũng khiến người ta lo sợ cho sự an toàn của X-Men.

Ngay cả việc đặt tên cho chính virus cũng không tránh khỏi sự tranh cãi. Nó được gọi là “Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,” và bệnh được đặt tên là “Coronavirus Infectious Disease, 2019,” một phần để tránh những biệt danh chính trị và phân biệt chủng tộc như “Chinese virus” hoặc, bạn có tin được không, “Kung Flu.” Và mọi người vẫn gọi virus là “Covid.” (Đó là một lỗi, tất nhiên; thực tế, Covid là bệnh. SARS-CoV-2 mới là quái vật.) Và sự nhạy cảm này không làm cho nhà sản xuất bia ABInBev thoát khỏi những trò đùa về thương hiệu Corona của họ.

Những hệ thống mã hóa số có chút khó khăn đó không dành cho người tiêu dùng thông thường. Chúng được thiết kế để sử dụng trong các bài báo khoa học, có lẽ trong các bài thuyết trình PowerPoint, không phải là cho các nhà thông báo tin tức hoặc các buổi họp chính phủ. Nếu bạn nói “bee chấm một chấm một chấm bảy,” đó là đúng nhưng vụng trộm. Nhưng nếu bạn rút ngắn nó thành “bee một một bảy,” đó có thể là B.1.1.7 hoặc B.1.17. Hoàn toàn khác biệt! “Nếu tôi đang nói chuyện với một nhóm kỹ thuật, đây là những cách hữu ích để mô tả những virus này đối với đối tượng đó và đảm bảo chúng ta đang nói chung một trang,” Duncan MacCannell, giám đốc khoa học tại Văn phòng Phát hiện Molecula Nâng cao tại Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh Hoa Kỳ, nói. “Nhưng nếu tôi đang cố gắng chỉ định một biến thể đáng quan ngại, và nói về nó với khán giả chưa biết hoặc công chúng hoặc truyền thông, chúng có thể thực sự khó khăn. Chúng rất cụ thể. Chúng tham chiếu đến những gì chúng ta đang nói. Nhưng đôi khi chúng khó diễn đạt.”

Vì vậy, mọi người đã bắt đầu làm điều họ hoàn toàn không nên làm—mặc định đặt biệt cho biến thể dựa trên nơi mà các nhà khoa học đầu tiên phát hiện chúng. Đó là lý do bạn có được “biến thể Anh” hoặc “biến thể Nam California.” Các tên gọi đánh đánh dấu những địa điểm đó với một sự tiêu cực về virus—và, tồi tệ hơn, có thể làm mất hứng thú của nhà nghiên cứu và chính phủ về việc minh bạch về các nỗ lực giám sát trong tương lai. Và, để rõ ràng, không có bất kỳ quy tắc có thể thực thi nào nói rằng các nhà khoa học phải sử dụng bất kỳ hệ thống nào trong số này.

Đó là lý do tại sao WHO đã bắt đầu tổ chức các cuộc họp để cố gắng hợp nhất một số trong số này—không nhất thiết là để thay thế bất kỳ tên gọi nào, mà có thể để tìm ra một cách mới, thân thiện với truyền thông hơn để nói về chúng. Điều đó có thể có nghĩa, như de Oliveira đã đề xuất, chỉ viết tắt các biến thể mới đáng quan ngại là V1, V2, và tiếp theo. Hodcroft nói với tôi rằng cô nghe nói về ý tưởng tạo ra từ mới, từ dễ phát âm để sử dụng làm tên. “Tôi có thể hiểu điều này hơi phiền toái,” Hodcroft nói. “Tôi nghĩ điều chính có thể đã xảy ra với các biến thể đáng quan ngại là nó khó cho truyền thông theo kịp.”

Vậy làm sao, tất nhiên, tôi xin lỗi. Nhưng khi mức độ can thiệp biến đổi và phân phối không đều của vaccine chống Covid-19 tiếp tục, chúng ta, con người, đang áp dụng các áp lực lựa chọn khác nhau cho virus ở các nơi khác nhau. Nó đang phản ứng với sự tiến hóa hướng, các dòng virus khác nhau tụ lại xung quanh một bộ đột biến dự đoán và có thể nguy hiểm. Biến thể sẽ thay đổi. Vì vậy như Nature báo cáo vào tháng 1, những cuộc họp WHO đã trở nên cấp bách hơn. Tuần trước, “lần đầu tiên tất cả ba phân loại chính đến để trình bày lý do của họ. Điều đó sẽ được theo sau bởi thêm cuộc họp nơi chúng ta cố gắng đưa ra một sự đồng thuận. Nhưng cách tạo ra một đồng thuận là trước tiên phải lắng nghe lẫn nhau và cố gắng tìm ra điểm chung,” de Oliveira nói. “Bạn phải biết rõ đối thủ của mình để chiến đấu. Đó là lý do tại sao chúng tôi muốn tránh những lời miêu tả có tính kỹ thuật về quốc gia hoặc địa lý. Nếu mọi người không mô tả rõ biến thể, ngay cả khi nó tiêu cực đối với quốc gia, bạn không thể thiết kế can thiệp hiệu quả.” Việc đánh bại SARS-CoV-2 đã đủ khó rồi; nó sẽ dễ dàng hơn một chút nếu mọi người biết mọi người đang nói về điều gì.

Cập nhật 2/9/21 2:20 PM PST để sửa các vị trí mà Nextstrain đặt trụ sở.

Những điều tuyệt vời khác của Mytour

• 📩 Những thông tin mới nhất về công nghệ, khoa học và nhiều hơn nữa: Đăng ký nhận bản tin của chúng tôi!
• Con Sư tử, người đa tình, và vụ lừa đảo nhiên liệu sinh học
• Tại sao Instacart đang sa thải nhân viên khi dịch vụ giao hàng tăng vọt
• Điều này có phải là tổ của con sâu bobbit đáng sợ?
• Làm thế nào để sao lưu email quan trọng nhất của bạn
• Flash đã chết—nhưng vẫn còn tồn tại
• 🎮 Mytour Games: Nhận những mẹo, đánh giá, và nhiều hơn nữa
• 🏃🏽‍♀️ Muốn có những công cụ tốt nhất để duy trì sức khỏe? Kiểm tra các lựa chọn của đội ngũ Gear chúng tôi cho bộ theo dõi sức khỏe tốt nhất, trang thiết bị chạy (bao gồm giày dép và tất), và tai nghe tốt nhất