Lincoln Nautilus thế hệ mới có diện mạo khác biệt so với phiên bản trước đó. Những thay đổi đáng kể chủ yếu tập trung vào phần đầu xe, nơi mà Lincoln đã sửa đổi lưới tản nhiệt và làm cho nó to lớn hơn một chút, hoàn thiện với màu đen hoặc bạc tuỳ thuộc vào các biến thể ở Trung Quốc.

Ngoài lưới tản nhiệt mới, chiếc xe còn được trang bị đèn pha mới đặc biệt, kết hợp với dải đèn LED chạy ban ngày. Hoàn thiện các thay đổi ở mặt trước của Nautilus là các chi tiết trang trí màu đen bóng xung quanh cản trước.

Bên cạnh đó, tất cả các phiên bản của Nautilus đều có trụ sơn đen và viền cửa sổ màu đen. Xe cũng có sẵn với mái xe cùng màu thân hoặc mái xe màu đen bóng với ốp gương màu đen tiêu chuẩn. Hơn nữa, có 4 kiểu mâm xe khác nhau được cung cấp cho xe.

Phần đuôi của Lincoln Nautilus thế hệ thứ ba cũng được thiết kế lại so với phiên bản trước đó. Đèn hậu có thiết kế tương tự như Aviator và có độ sắc nét cao hơn phiên bản cũ.

Hiện tại, các thông số kỹ thuật và hệ truyền động của Nautilus mới vẫn chưa được tiết lộ.