Galaxy Note đã sử dụng bút S Pen suốt hơn 10 năm, nhưng chỉ trên màn hình cứng. Với màn hình gập của Galaxy Z Fold 3, Samsung đã phải thay đổi thiết kế của hệ thống nhận diện bút để S Pen có thể hoạt động trên smartphone gập này.Trong quá khứ, khi màn hình chỉ có một miếng và không gập được, Samsung đã sử dụng một tấm digitizer gắn dưới kính. Lớp này hoạt động cùng bút S Pen dựa trên nguyên lý cảm ứng từ trường để xác định vị trí của S Pen và gửi tín hiệu xuống hệ điều hành. Tuy nhiên, với Z Fold 3, màn hình có thể gập lại, tạo ra nhiều thách thức. Samsung đã phải nghiên cứu nhiều giải pháp và quyết định sử dụng 2 miếng digitizer riêng biệt cho mỗi nửa màn hình, được kết nối với nhau qua một bộ điều khiển.
Để đồng bộ tín hiệu từ hai miếng digitizer, Samsung đã phối hợp với Wacom để phát triển một thuật toán đặc biệt nhằm nhận diện chính xác vị trí của bút S Pen, ngay cả khi di chuyển đến vùng biên giữa hai miếng digitizer.
Để sử dụng an toàn trên Z Fold 3, bút S Pen đã được làm mới với đầu bút làm từ cao su mềm và có cơ chế lò xo bên trong để hấp thụ lực chạm vào màn hình.