Shikamaru đang hết sức nghiêm túc trong việc thực hiện trách nhiệm của mình với vai trò Hokage.
Boruto: Two Blue Vortex không ngần ngại làm đảo lộn cả thế giới vì con trai của Hokage đệ thất. Boruto Uzumaki giờ đây sống trong một thế giới đầy bất ngờ, nơi những người bạn cũ giờ lại thành kẻ thù, và những kẻ thù xưa nay lại trở thành đồng minh.
Hiện nay, Naruto và Hinata bị mắc kẹt trong một chiều không gian khác do âm mưu của Kawaki, và Shikamaru đã chính thức đảm nhận chức Hokage, sẵn sàng làm tất cả để bảo vệ sự an toàn của làng Lá.
Từ trước đến nay, các Hokage làng Lá luôn sẵn sàng thực hiện những hành động quyết liệt để bảo vệ ngôi làng. Hokage đệ thất tuy có nỗ lực chống lại xu hướng này, nhưng lại luôn cố gắng lãnh đạo với một tầm nhìn hòa bình hơn về thế giới.
Đáng tiếc, khi Naruto không còn có mặt, trách nhiệm lãnh đạo làng rơi vào tay Shikamaru, và chiến thuật gia thiên tài này không ngần ngại sử dụng mưu lược và thủ đoạn tàn nhẫn để đạt được mục đích của mình.
Shikamaru và sự tàn nhẫn về mặt cảm xúc
Những kẻ phản diện mới xuất hiện trong Two Blue Vortex là Divine Trees (Thần Thụ), với hình dạng và sức mạnh được sinh ra từ những ninja bị chúng nuốt chửng và biến thành cây. Trong số các Thần thụ đã được giới thiệu, Matsuri là thành viên nữ duy nhất. Một trong những Claw Grimes do Thập Vĩ của Code tạo ra đã nuốt chửng Moegi Kazamatsuri và biến cô thành Matsuri.
Shikamaru đã tiên đoán rằng Konohamaru và các thành viên Đội 7 sẽ đối đầu với cô ấy trong tương lai và đã lên kế hoạch cẩn thận để tiêu diệt các Thần thụ. Moegi là một nhân vật quen thuộc trong loạt truyện Naruto, lần đầu xuất hiện cùng Konohamaru khi cả hai còn rất nhỏ.
Shikamaru lý giải rằng Thần thụ là những quái vật có khả năng chiến đấu mạnh mẽ và mục tiêu của chúng là Konohamaru và Sarada, vì vậy chúng chắc chắn phải là kẻ thù. Tuy nhiên, mối quan hệ đối đầu này vẫn chưa hoàn toàn rõ ràng, vì không có bằng chứng nào chứng minh rằng bản chất của Thần thụ là xấu. Theo Shikamaru, chúng giống như những con thú non mới sinh.
Shikamaru nhận xét rằng hiện tại, Thần thụ dường như không có ý định ác ý. Chúng chỉ hành động theo bản năng, nhưng do sở hữu sức mạnh khủng khiếp, chúng có thể trở thành mối đe dọa lớn đối với con người.
Dù vậy, Shikamaru khẳng định họ sẽ kết bạn với những sinh vật này, nuôi dưỡng chúng khi còn non nớt và dễ bảo. Sau đó, khi chúng đủ lớn, họ sẽ phản bội và tiêu diệt chúng.
Anh giải thích rằng đây là một chiến lược hoàn hảo nếu coi chúng là kẻ thù, khiến chúng mất cảnh giác rồi tiêu diệt. Anh thừa nhận Naruto có thể sẽ không chọn cách này, nhưng anh không phải là Naruto. Thêm vào đó, Shikamaru đưa ra chiến thuật này để loại bỏ những sinh vật siêu phàm vì sự tồn vong của nhân loại.

Shikamaru sau đó giải thích lý do tại sao Konohamaru là lựa chọn tốt nhất cho nhiệm vụ này, vì Matsuri có tình cảm với cậu ta. Dù Konohamaru ngạc nhiên, Shikamaru cho biết Matsuri không nhận thức được điều này và không hiểu rõ cảm xúc của mình. Vì vậy, kế hoạch này có thể khiến Matsuri rơi vào trạng thái hoang mang, tạo lợi thế cho họ.
Shikamaru nhấn mạnh với Konohamaru rằng phải giữ vững tinh thần, bởi Thần Thụ là kẻ địch. Theo thông tin tình báo, Matsuri hoặc Ryu sẽ xuất hiện, trường hợp xấu nhất là cả hai cùng xuất hiện. Cần phải tách họ ra một cách kín đáo để tránh gặp phải bất lợi.
Shikamaru luôn là một chiến lược gia sắc sảo trong đội ngũ của Konoha, nhưng chính sự tàn nhẫn của anh có thể là điều làng Lá cần lúc này. Thật không may, có vẻ như làng Lá đang phải đối mặt với nhiều vấn đề khác quan trọng hơn là việc làm tổn thương tình cảm của Matsuri.