Dòng game Assassin's Creed nổi bật với việc bắt đầu mỗi phần bằng những bi kịch sâu sắc, và Assassin's Creed Shadows không hề là một ngoại lệ trong truyền thống này.
Assassin's Creed Shadows là một trò chơi có thời gian chơi dài, với cốt truyện chính kéo dài từ 30 đến 50 giờ, trong khi tổng thời gian khám phá tất cả các nhiệm vụ phụ có thể vượt qua 70 giờ. Để giữ người chơi gắn bó với trò chơi trong suốt thời gian đó, Assassin's Creed Shadows cung cấp nhiều hoạt động bổ sung kèm theo những phần thưởng hấp dẫn như giáp trụ, vũ khí và kỹ năng mới.

Cốt truyện vẫn là yếu tố then chốt, và đối với những fan trung thành của thương hiệu, cách mà Assassin's Creed Shadows khai thác câu chuyện của Naoe sẽ khiến họ cảm thấy vô cùng thân thuộc và gần gũi.
Khởi đầu của Assassin's Creed Shadows mang đến cảm giác thân thuộc, tiếp tục mở ra một câu chuyện đầy kịch tính.
Sau một đoạn phim cắt cảnh dài, Yasuke trở thành người bạn đồng hành và samurai trung thành của lãnh chúa Oda Nobunaga. Trò chơi đưa người chơi vào vai nhân vật chính, tấn công vào một ngôi làng phản loạn ở tỉnh Iga. Sau đó, câu chuyện chuyển sang cảnh Naoe cưỡi ngựa cùng cha mình, Nagato, khi họ lao về phía ngôi làng đang bị thiêu rụi.

Naoe sau đó được cha giao nhiệm vụ lấy một chiếc hộp khóa bí ẩn từ ngôi mộ gần đó, nhưng chiếc hộp bị trộm bởi một người đeo mặt nạ. Naoe đuổi theo dấu vết và ám sát tên trộm để lấy lại hộp, nhưng bất ngờ bị bắn từ phía sau. Khi cha cô đến cứu, cả hai bị vây quanh bởi một nhóm lính mang mặt nạ khác nhau. Cha của Naoe cố gắng phản kháng nhưng bị thương nặng, và sau đó nhóm tấn công rút lui khi đạt được mục đích.

Naoe cố gắng bò đến chỗ cha mình, lắng nghe những lời trăn trối cuối cùng, trong khi máy quay từ từ hướng lên trời, đưa ra tiêu đề Assassin's Creed Shadow, mở ra hành trình báo thù của Naoe. Đối với những fan trung thành, việc mở đầu bằng một bi kịch như vậy đã trở thành "truyền thống" của dòng game. Assassin's Creed 2 bắt đầu với cảnh Ezio chứng kiến cái chết của cha và anh em do tay các thế lực Templar. Còn trong Assassin's Creed 3, Connor chứng kiến ngôi làng của mình bị thiêu rụi.

Trong Assassin's Creed Unity, Arno bị buộc tội giết cha nuôi, và ngay cả trong hai phần game gần đây, sự kiện bi kịch cũng không thay đổi, khi con trai Bayek bị giết trong Assassin's Creed Origins, và cha mẹ của Eivor bị sát hại trong Valhalla. Có thể nói rằng, phần lớn các phiên bản của Assassin's Creed đều bắt đầu bằng sự mất mát và bi kịch, tạo động lực cho những câu chuyện phục thù, và AC Shadows cũng không ngoại lệ.

Việc lặp lại mô típ mở đầu này trong suốt lịch sử của thương hiệu chứng tỏ đây là công thức đã được kiểm chứng. Mối quan hệ cha con giữa Naoe và Nagato ngay từ đầu đã thể hiện sự gắn kết mạnh mẽ, và cách mà khoảnh khắc cái chết của nhân vật được thể hiện càng làm tăng thêm cảm xúc cho người chơi.
Lối thiết kế độc đáo của từng chiếc mặt nạ của các thành viên Shinbakufu đã tạo nên một bầu không khí căng thẳng và hấp dẫn, điều mà ít khi xuất hiện trong những phần mở đầu của các game Assassin's Creed trước đây.
